大殿3层是强巴佛（未来佛）殿。这尊强巴佛像是当年宗喀巴在世的时候由他亲自开光的，极为著名。
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这哲蚌寺乃是藏传佛教格鲁派寺院。与甘丹寺、色拉寺合称拉萨三大寺。全名吉祥米聚十方尊胜洲。位于位萨西郊5公里更丕乌孜山下，海拔3800米，沿山势逐层而建，占地面积约20万平方米，寺内有7个扎仓（僧院）。远远望去，黑色的山体簇拥着一大群白色的建筑在阳光下显得格外醒目。为格鲁派最大的寺院。明永乐十四年（1416），宗喀巴弟子绛央却杰在大贵族朗嘎桑的资助下主持修建。名为“白登哲蚌寺”，后简称“哲蚌寺”。在藏语里“白登”意为祥瑞庄严，“哲蚌”意为堆积大米。建成后他任第一任堪布。由最初的7个弟子，分别形成该寺7个札仓（经学院）。后来发展为格鲁派实力最雄厚的寺院。最盛时期寺僧编制为7700人，胩有141个庄园与540余个牧场。该寺是历世达赖喇嘛的母寺。三世达赖索南嘉措于1546年作为该寺的第一个活佛被迎请入寺。后来他应蒙古俺答汗的邀请，到青海讲经传法。明万历六年（1578），俺答汗赠以“圣识一切瓦齐尔达喇达赖喇嘛”的尊号，达赖喇嘛一称即始于此。索南嘉措得此尊号后，又追认其前两世为第一、二世达赖喇嘛。五世达赖罗桑嘉措受清朝册封之前，一直住在该寺。由于历世达赖喇嘛皆以哲蚌寺为母寺，因此该寺在格鲁派寺院中地位最高。
寺院内部组织制度严密。错钦、札仓、康村和米村为主要的组织。错钦是全寺最高组织；札仓隶属于错钦，相当于分院；康村是札仓的基层组织；米村又是康村的下一级组织。四个札仓分别名为罗色林、果芒、德阳、阿巴。每个札仓各有供茶集会的大殿和经堂。札仓各有自己所属的僧众，不同札仓僧众不能相混。札仓的学习制度，每年集体学习共有8次，每次学习时间15天至1个月不等。学习方法是背诵经文和以因明方式辩论；在堪布前受试及格，由堪布按成绩优劣分别登记，授予不同等级的“格西”学位，直到参加大祈愿法会，授予最高的“拉然巴”格西学位。
哲蚌寺西南角的甘丹颇章是1530年左右由二世达赖根敦嘉措主持修建的。大门前面有一个小佛殿，里面供奉着五世达赖喇嘛的衣服。甘丹颇章有3层，每个窗口都种了许多花。原为二、三、四、五世达赖住地。五世达赖受清朝册封后，始由甘丹颇章移住布达拉宫，但甘丹颇章曾被作为格鲁派政教合一地方政权的代称。
甘丹寺颇章的西北侧是措钦大殿。
措钦大殿（“措钦”意为大法堂）是哲蚌寺的主要建筑。大殿中间的大文殊像及白伞盖像极为精致。这里供有哲蚌寺的主要信仰物——右旋法螺。这是哲蚌寺在破土新建时，宗喀巴从“廓布山法库”掘出的一只法螺，赠予弟子扎西班丹，预祝他建寺圆满成功，并以此为基地，弘扬佛法，广建寺庙。弟子扎西班丹把它尊为佛祖所赐的寺宝，珍藏在寺内。大殿后面是扎西斑丹当年修行的净室。
措钦大殿里还保存有一到四世达赖喇嘛的灵塔。大殿四壁，绘有许多精彩壁画，有释迦牟尼的百行转图、人间形成图、生死轮回图等。措钦大殿东边有一个半地下的很小的山洞，只能容一个人进入，名叫“让迥玛”。它原来是宗喀巴关静修的地方，也是哲蚌寺最早的建筑。