少年努力學習、訓練，爭取支援魔法少女。
暫時，在這所學院內，只有五名魔法少女屹立於頂點。
她們是抵擋異次元世界入侵的中堅力量，象征著勇氣、智慧、希望、光明以及貞潔。
雖然暫時還看不到戰爭的盡頭，不過人們還是充滿了希望。
只有一點點小瑕疵，那就是能對異次元釋放到這個世界的魔素產生反應的只有年輕女性，準確的說是少女。
私立雅典娜學院，一個專門為培養魔法少女建立起來的復合機構。
就算運氣好抓住了次元裂縫開啟，能送過去的人數相當有限，無法發揮數量的優勢。
一籌莫展的人類世界陷入悲觀之中。
除了繼續疲於應付之外，只能將希望寄託在次元研究上，一直到魔法少女的出現。
可是，
突然有一天，
一名少年，在未知原因和因素下，對魔素起了反應，成為了第六名魔法少女。
除了研究、參謀、後勤、運營等由大人們負責。
整體上分為魔法科和支援科。
少女努力學習、訓練，爭取成為魔法少女，
終於擁有能跟對面單兵匹敵的力量令人們重新看到希望。
迅速的調整思路，圍繞著魔法少女建立相應的機構，配上支援部門、研究部門、參謀部門等等。
從單方面的疲於應付變成了拉鋸戰。